Pero a todas las dificultades señaladas hay que agregar aún otra: los efectos de la  puna o soroche. El fenómeno es ciertamente terrible, ya que, aún en horas de más normalidad, la fatiga es grande y las fuerzas casi nulas. Y no hay adaptación alguna súbita, sino lenta de meses o años.

Según el doctor Eduardo Acevedo Díaz "recientes investigaciones afirman que el habitante de las punas y de las altas cordilleras, es una variedad del hombre. Sus pulmones son de amplia capacidad; en proporción al tamaño del cuerpo, su corazón es de gran dimensión; el tórax es atlético; el pulso es lento".

San Martín trató de aminorar las consecuencias de la puna, propinando abundante ajo y cebolla a sus soldados, y facilitando el camino a los atacados en mula. Escribe Espejo que "toda la infantería iba montada hasta la primera noche de vivac en el descenso de la cordillera, para precaver o disminuir la fatiga que el soroche produjera en la tropa. No obstante esto, entre los artículos de la proveeduría, se llevaban cargas de cebollas, de ajos y de vino para racionar la tropa en las jornadas peligrosas, que la experiencia ha enseñado ser antídotos poderosos que de ordinario precaven el mal o lo curan".

Como es de suponer, ni ese antídoto, ni el hacer que la infantería montara las mulas, salvó a la tropa de los graves males y aun de males mortales. El proveer a los soldados de mulas, sobre que montar, a lo menos en los trayectos más expuestos a la puna, era una buena medida, pero esta medida no fue tan eficiente como podría creerse, ya que suponía el ensillar y desensillar, labor que en las alturas se hace poco menos que imposible para los afectados por la puna. Lo cierto es que, como escribía San Martín a Miller, "la puna atacó a la mayor parte del ejército, de cuyas resultas perecieron varios soldados".

Bajo los terribles y angustiosos efectos de la puna, aquellos hombres no sólo tenían que ensillar y desensillar; tenían que llevar el peso de su ropa, mochila cargada, armas y  municiones, y tenían que cargar con parte del menaje de cocina, y tenían que conducir las arrias de mulas y las recuas de ganado, y tenían que llevar a pulso unas veces y, sobre zorras, otras veces, ya subiendo con cabrestantes, ya bajando por medio de los mismos, las pesadas zorras y los pesadísimos cañones.

Eran 500 los milicianos que tenían a su cargo esa labor, pero fue menester que todo el ejército participara en ese acarreo, ya que los vehículos, fabricados para el transporte, así de la artillería, como del puente y de los cabrestantes, no sólo resultaron inútiles, en dos tercios del camino, sino que el acarreo de los mismos resultaba otra pesada carga.