La escuadra navegaba ya ante las costas peruanas, y San Martín dispuso realizar el desembarco en la bahía de Paracas, en una playa arenosa a diez kilómetros de la cual se alzaba la villa de Pisco. Así se hizo con absoluta tranquilidad el 8 de septiembre. ¿Porqué desembarcó en Pisco? Lord Cochrane, obstinado escocés, no terminaba de entenderlo, y sostenía con terquedad que debía tomarse tierra frente a Lima para atacar enseguida al virrey.

El general en jefe había decidido con admirable previsión. Pisco se hallaba a 260 kilómetros de Lima, y esta circunstancia le daba tiempo para promover la insurrección del país sobre el cual debía sostenerse, elemento de primera fuerza para el desarrollo de sus planes. Además, evitaba afrontar de golpe a un ejército muy superior en número, y desde Pisco podía realizar con eficacia el designio militar de darle inmediato quehacer a sus espaldas, mientras él iba a presentársele en el norte haciéndole creer entretanto que buscaría su objetivo desde el sur.

Quería también iniciar las primeras fintas  del manejo político que tenía meditado, y sabía que llegaba en el mejor momento para ello. Estaba cierto que los jefes liberales del ejército de Pezuela presionaban sobre el virrey para buscar un avenimiento con los disidentes sobre la base de la Constitución de 1812, recién jurada por Fernando, y de las Cortes, en las cuales se había acordado dar representación a los diputados de América. Ése era. además, el propósito del nuevo gabinete español.

San Martín había decidido cruzar definitivamente esa esperanza. Demasiado conocía él a los liberales de las Cortes: eran los mismos que en Cádiz le habían asqueado tanto como los serviles de Fernando. Él también era liberal y sabía cómo envolver al adversario en la trampa de los principios.

El mismo día del desembarco, desde Pisco, al tiempo que sus tropas desalojaban a la guarnición realista, 500 hombres al mando del coronel Quimper, dio su primera proclama a los peruanos, y en ella, al referirse a la constitución, que Pezuela había dispuesto jurar en todo el virreinato, expresó rotundamente esta advertencia: "La América no puede contemplar la constitución española sino como un medio fraudulento de mantener en ella el sistema colonial. Ningún beneficio podemos esperar de un código formado a dos mil leguas de distancia, sin la intervención de nuestros representantes.

El último virrey del Perú hace esfuerzos por prolongar su decrépita autoridad. El tiempo de la opresión y de la fuerza ha pasado. Yo vengo a poner término a esa época de dolor y humillación. Este es el voto del Ejército Libertador, ansioso de sellar con su sangre la libertad del Nuevo Mundo".

Pezuela quedaba, pues, notificado, y más que él, los jefes liberales del ejército realista. La  Constitución de Cádiz, el nuevo régimen de la revolución española, nada valían para el jefe del Ejército Libertador. Y se dijera que acentuaba más el terminante repudio al dirigirse él mismo, y en otro proclama, a la nobleza del Perú: "Ilustres patricios - les decía -, la voz de la revolución política de esta parte del Nuevo Mundo y el empleo de las armas que lo promueven no han sido ni pueden ser contra vuestros verdaderos privilegios".

Púsose en seguida en contacto con las gentes de la tierra y se desparramaron por todas partes sus proclamas. Y el general. que no quería perder mucho tiempo en Pisco, comenzó a conferenciar reservadamente con Arenales.

No había transcurrido una semana desde el desembarco cuando se presentaba un representante de Pezuela. El virrey pretendía abrir la negociación e invitaba a San Martín a designar diputados para escuchar sus proposiciones. San Martín aceptó. Como había imaginado, el juego comenzaba por la política; y sus diputados, Guido y García del Río, se trasladaron a Miraflores, un pequeño villorrio al sur de Lima, a tratar con los del virrey. Pero era natural que no pudieran entenderse.

Proponían los realistas como base de arreglo, la constitución española y el envío de diputados americanos a las Cortes. Pero no era posible aceptar lo que San Martín había rechazado expresamente en su proclama. Pidieron entonces aquéllos la suspensión de las armas y el retiro de las tropas invasoras hasta que fueran diputados a España; pero la contrapropuesta patriota era también inaceptable, porque exigieron para acceder, entre otras cosas igualmente sustanciales, la evacuación del Alto Perú. que sería ocupado por el Ejército Libertador.

El 1  de octubre terminaba la fracasada conferencia de Miraflores, pero quedaba de ella una inquietante sugerencia que los diputados independientes, siguiendo el juego de su general, deslizaron en el oído del virrey: "acaso sobre la base de la independencia política del Perú, la pacificación podía convenirse estableciendo una monarquía con un príncipe de la casa reinante en España..." San Martín explicaría años después la cabal inteligencia de esta proposición.

Durante el breve armisticio, San Martín había redactado unas prolijas instrucciones para el general Arenales, que debía expedicionar a la Sierra, o sea a la región que se eleva hacia el Oriente inmediatamente después de la región de la Costa. Tenía como objetivo realizar una doble acción militar y política, pues debería ocupar e insurreccionar las poblaciones existentes en los valles que van escalonándose entre las dos cadenas de los Andes.

Arenales debería irrumpir por el  desfiladero de Castro Virreyna, con una columna de mil hombres, y recorrería esos valles de sur a norte, desde Huamanga, ocupando sucesivamente a Huancavelica, Jauja y Tarma, para descender hacia la costa, desde Pasco, y colocarse al norte de Lima.

Allí le esperaría San Martín con el ejército, porque pensaba reembarcarlo en Pisco y llevarlo por el mar, para situarse al norte de la capital. Era una fina operación semienvolvente, que por cierto no esperaba Pezuela. Es verdad que dejaba libre el sur, pero su ejecución cortaba al virrey las comunicaciones con el norte, donde sabía el general era inminente el pronunciamiento de Trujillo, con cuyo gobernador, marqués de Torre- Tagle, estaba en relaciones desde Chile; y, además, a las espaldas de Lima dejaba toda la Sierra en insurrección.

Era, sin duda, una audaz diversión, que comprometía a la cuarta parte de su ejército en una empresa llena de peligros: pero San Martín confiaba en la pericia de Arenales, veterano batallador en las campañas del Alto Perú e insuperable conductor para una guerra de montaña.

El general aguardó en Pisco hasta saber que Arenales escalaba los pasos de la sierra, después de haber derrotado a algunas fuerzas enemigas en Inca y en Nazca, contra las cuales desprendió ágiles columnas al mando de Rojas y Lavalle, que iniciaron con la victoria esta primera etapa de la campaña.

San Martín reembarcó el ejército el 25 de octubre y se trasladó hasta el puerto de Ancón, desembarcando poco después en el de Huacho a 150 kilómetros al norte de Lima, para instalar su campamento en Huaura. Allí esperaría el resultado de la expedición a la Sierra, mientras comenzaba en seguida su diligente actividad proselitista para sublevar en su favor a las provincias septentrionales.

Había en esa espera, que exasperaba al irritable lord Cochrane, la paciente confianza del buen ajedrecista; no quería ni debía apresurarse, sino dejar actuar a los factores diversos que integraban su plan. Por eso le había escrito a O'Higgins explicándole la marcha de Arenales y su reembarco hacia el norte: "Mi objeto es bloquear a Lima por la insurrección general y obligar a Pezuela a una capitulación".

Estaba cierto de obtener este resultado en menos de tres meses; pero no hubo, sin embargo, capitulación, y la guerra se prolongaría aunque San Martín lograse su propósito esencial, entrando a Lima sin lucha y proclamando desde la capital la independencia del Perú en julio del año entrante.

Lo notable fue que habrían de ser los jefes liberales del ejército realista los que interfirieran el plan del Libertador, pues cuando Pezuela estaba moralmente vencido fueron ellos quienes le impidieron capitular.

A poco de establecer su campamento en Huaura, fueron produciéndose los hechos que San Martín esperaba para estrechar al virrey. Guayaquil, que se había levantado el 9 de octubre al solo anuncio de su presencia en Pisco, le enviaba sus diputados y se acogía a su protección; poco después, el 5 de noviembre, el almirante Cochrane realizaba una hazaña incomparable capturando a la fragata Esmeralda, en su refugio del Callao, cuyos fuegos desafió impávido ante el asombro de los propios adversarios; a principios de diciembre los  trabajos de zapa, que minaban constantemente el frente interno enemigo, obtenían un éxito brillante al decidir la deserción en masa del regimiento "Numancia", formado en gran parte por colombianos, que se pasó a sus banderas con armas y bagajes; y para Navidad el marqués de Torre-Tagle se pronunciaba en Trujillo. 

Por su parte permaneció en posición  defensiva, preparado para recibir un ataque, aunque conocía bien la indecisión de Pezuela, que él había determinado con su estrategia. Si salía de Lima para buscar a San Martín en Huaura debía temer con fundamento que éste embarcara su ejército en Huacho y cayera sobre la capital indefensa.

Por eso el virrey se contentaba con mantener una fuerte vanguardia sobre la línea del Chancay, reteniendo a su ejército en Aznapuquio, mientras su adversario explotaba hábilmente la situación inundando de agentes y proclamas a la ciudad de los Reyes, y movía ágiles guerrillas en sus alrededores que jaqueaban los caminos y entorpecían los abastos. A principios de enero de 1821 se incorporaba al Ejército Libertador la división de Arenales, que había concluido su campaña obteniendo una magnífica  victoria en Pasco y llenado su objeto de levantar a los pueblos de la Sierra en favor de los independientes.

Daba, pues, sus frutos la situación creada por San Martín. Pezuela había llegado a declarar que creía imposible defender al país si no le llegaban refuerzos navales de España, y dentro de Lima, un fuerte partido le incitaba a una capitulación honorífica. Pero los jefes de la logia constitucional, que le eran adversos, temieron se decidiera en este sentido, y reunidos en el cuartel general de Aznapuquio le intimaron abandonar el mando como único medio de conservar el Perú.

El virrey se resignó, y el 29 de enero de 1821 los jefes eligieron en su reemplazo al general La Serna. Y he ahí cómo el jefe del Ejército Libertador debería entenderse, en adelante, con los jefes liberales del ejército realista.