San Martín se dirigió de nuevo hacia Guayaquil con el mismo objeto anunciado para la malograda entrevista de febrero. Había embarcado en la goleta "Macedonia", que arribó el 25 de julio a la isla de Puná, a la entrada del golfo, y allí recibió el anticipado saludo de Bolívar, presente en Guayaquil desde unos días antes.

El Libertador de Colombia había aprovechado su tiempo y resuelto perentoriamente la incorporación a su dominio de la provincia de Guayaquil, cuya Junta de Gobierno después de proclamar la autonomía en 1820 buscaba la unión con el Perú.

Por eso en la carta que compañó al saludo invitaba a San Martín a descender a la ciudad para recibirlo "en el suelo de Colombia". Era un avance típico del temperamento y los procedimientos de Bolívar, el cual se anticipó con habilidad y firmeza a producir el hecho consumado que opondría después a los propósitos del Protector del Perú sobre la conveniencia de permitir a Guayaquil la libre determinación de su destino.

Vale la pena recordar esa carta, primorosa y cálida expresión de amistad: "Con suma satisfacción, dignísimo amigo, doy a usted por primera vez el título que ha mucho tiempo mi corazón le ha consagrado. Amigo le llamo y este nombre será el que debe quedarnos por la vida porque la amistad es el único título que corresponde a hermanos de armas, de empresa y de opinión.

Tan sensible me será que no venga a esta ciudad como si fuéramos vencidos en muchas batallas; pero no, no dejará burlada la ansia que tengo de estrechar en el suelo de Colombia al primer amigo de mi corazón y de mi patria.

¿Cómo es posible que venga usted de tan lejos para dejarnos sin la posesión efectiva en Guayaquil del hombre singular que todos anhelan conocer y si es posible tocar?

No es posible. Yo espero a usted y también iré a encontrarle donde quiera esperarme; pero sin desistir de que nos honre en esta ciudad. Pocas horas como usted dice bastan para tratar entre militares; pero no serían bastantes esas mismas para satisfacer la pasión de amistad que va a empezar a disfrutar de la dicha de conocer el objeto caro que amaba sólo por la opinión, sólo por la fama".

Al día siguiente San Martín desembarcaba en Guayaquil.

Se le había preparado alojamiento en una casa frente al muelle y en ella le aguardaba Bolívar, de gran uniforme, y acompañado de su Estado Mayor. Al acercarse San Martín, cuenta el coronel Rufino Guido que se hallaba presente, el Libertador de Colombia se adelantó unos pasos y alargando la diestra dijo: "Al fin se cumplieron mis deseos de conocer y estrecharla mano del renombrado general San Martín".

Subieron juntos hasta el salón principal y hubo allí presentaciones y saludos efusivos; pero poco después San Martín y Bolívar se encerraron para conversar a solas durante una hora y media. Después de esta conferencia Bolívar se retiró de la casa y San Martín que debió seguir cumplimentando a las gentes empeñadas en saludarle, retribuyó horas después el saludo del Libertador de Colombia trasladándose a la residencia de éste donde volvieron a hablar a solas aunque muy brevemente.

Cuando retornó a su alojamiento, agrega Guido, acercándose la hora de comer lo hizo sin más compañía que la de sus edecanes y el oficial de la escolta, y por la noche recibió otras visitas entre ellas, algunas de señoras.

Al  día siguiente, 27 de julio, San Martín volvió a entrevistarse con Bolívar; pero esa misma mañana dio orden que le arreglaran su equipaje y estuviera todo listo en la Macedonia para regresar al Perú, pues pensaba embarcarse a las once de la noche.

La nueva conversación se realizó en la residencia de Bolívar desde la una hasta las cinco de la tarde y, como la anterior, encerrados en un salón y sin testigos. Cuando terminaron la casa estaba llena de generales y personajes invitados por el Libertador a un gran banquete que ofrecía en honor del Protector del Perú.

Al final del convite Bolívar alzó su copa y exclamó: "Brindo, señores, por los dos hombres más grandes de la América del Sur, el general San Martín y yo". San Martín contestó: "Por la pronta terminación de la guerra, por la organización de las nuevas repúblicas del continente americano y por la salud del Libertador".

Hubo después un baile y el general debió participar de la fiesta hasta que a medianoche llamó a Guido y le dijo: "Vamos, no puedo soportar este bullicio". Advertido Bolívar lo acompañó a retirarse sin ser notado y ambos se dirigieron directamente al muelle donde se despidieron para siempre. San Martín embarcó en un bote de la Macedonia y apenas llegó a bordo la goleta levó sus anclas y se hizo a la vela.

¿De qué se había tratado en la famosa entrevista? Durante años quedó guardado lo que dio en llamarse el secreto de Guayaquil y se tejieron conjeturas o inventaron hipótesis diversas, porque del encuentro entre San Martín y Bolívar sólo se supo entonces ciertamente que aquél había resuelto eliminarse de la escena americana dejando al Libertador de Colombia la tarea de concluir con las últimas fuerzas realistas en el Perú.

Pero el misterio se disipó en 1844, Gabriel Lafond de Lurcy, un marino francés que solicitó y obtuvo de San Martín informaciones y documentos sobre su actuación en la guerra de la emancipación americana, publicó en la obra "Voyages autour du monde et voyages célebres. Voyages dans les deux Amériques", el texto de una carta que San Martín dirigió a Bolívar el 29 de agosto de 1821, de vuelta en Lima una vez realizada la entrevista de Guayaquil y cuando el general ultimaba los preparativos para reunir al Congreso del Perú ante el cual resignaría su cargo de Protector.

La carta que publicó Lafond fue traducida y publicada por Juan Bautista Alberdi en 1844, viviendo aún el general San Martín, y decía así:

Lima, 29 de agosto de 1821.

Excmo. señor Libertador de Colombia, Simón Bolívar.

Querido general:

“Dije a usted en mi última del 23 del corriente que habiendo reasumido el mando Supremo de esta república, con el fin de separar de él al débil e inepto Torre-Tagle las atenciones que me rodeaban en el momento no me permitían escribirle con la atención que deseaba; ahora al verificarlo no sólo lo haré con la franqueza de mi carácter sino con la que exigen los altos intereses de la América.

Los resultados de nuestra entrevista no han sido los que me prometía para la pronta terminación de la guerra. Desgraciadamente yo estoy íntimamente convencido o que no ha creído sincero mi ofrecimiento de servir bajo sus órdenes, con las fuerzas de mi mando, o que mi persona le es embarazosa.

Las razones que usted me expuso de que su delicadeza no le permitiría jamás mandarme, y que aun en el caso de que esta dificultad pudiese ser vencida estaba seguro que el Congreso de Colombia no autorizaría su separación del territorio de la república,  permítame general, le diga no me han parecido plausibles. La primera se refuta por sí misma. En cuanto a la seguida estoy muy persuadido la menor manifestación suya al Congreso sería acogida con unánime aprobación cuando se trata de finalizar la lucha en que estamos empeñados con la cooperación de usted y la del ejército de su mando y que el honor de ponerle término refluirá tanto sobre usted como sobre la república que preside.

No se haga usted ilusiones, general. Las noticias que tiene de las fuerzas realistas son equivocadas: ellas montan en el Alto y Bajo Perú a más de 19.000 veteranos, que pueden reunirse en el espacio de dos meses.

El ejército patriota, diezmado por las enfermedades, no podrá poner en línea de batalla sino 8.500 hombres, y de éstos una gran parte reclutas. La división del general Santa Cruz cuyas bajas según me escribe este general no han sido reemplazadas a pesar de sus reclamaciones en su dilatada marcha por tierra, debe experimentar una pérdida considerable, y nada podrá emprender en la presente campaña. La división de 1.400 colombianos que usted envía será necesaria para mantener la guarnición del Callao y el orden en Lima.

Por consiguiente, sin el apoyo del ejército de su mando, la operación que se prepara por Puertos Intermedios no podrá conseguir las ventajas que debían esperarse, si fuerzas poderosas no llaman en la atención del enemigo por otra parte y así la lucha se prolongará por un tiempo indefinido. Digo indefinido porque estoy íntimamente convencido que sean cuales fueren las vicisitudes de la presente guerra, la independencia de la América es irrevocable; pero también lo estoy de que su prolongación causará la ruina de sus pueblos, y es un deber sagrado para los hombres a quienes están confiados sus destinos, evitar la continuación de tamaños males.

En fin, general; mi partido está irrevocablemente tomado. Para el 20 del mes entrante he convocado el primer congreso del Perú y al día siguiente de su instalación me embarcaré para Chile convencido de que mi presencia es el solo obstáculo que le impide a usted venir al Perú con el ejército de su mando.

Para mí hubiese sido el colmo de la felicidad terminar la guerra de la independencia bajo las órdenes de un general a quien América debe su libertad. El destino lo dispone de otro modo y es preciso conformarse.

No dudando que después de mi salida del Perú el gobierno que se establezca reclamará la activa cooperación de Colombia y que usted no podrá negarse a tan justa exigencia, remitiré a usted una nota de todos los jefes cuya conducta militar y privada pueda ser a usted de alguna utilidad su conocimiento.

El general Arenales quedará encargado del mando de las fuerzas argentinas. Su honradez, coraje y conocimiento, estoy seguro lo harán acreedor a que usted le dispense toda consideración.

Nada diré a usted sobre la reunión de Guayaquil a la república de Colombia. Permítame, general, que le diga que creí no era a nosotros a quienes correspondía decidir este importante asunto. Concluida la guerra los gobiernos respectivos lo hubieran transado sin los inconvenientes que en el día pueden resultar a los intereses de los nuevos estados de Sud América.

He hablado a usted, general, con franqueza, pero los sentimientos que expresa esta carta quedarán sepultados en el más profundo silencio; si llegasen a traslucirse, los enemigos de nuestra libertad podrían prevalecerse para perjudicarla, y los intrigantes y ambiciosos para soplar la discordia.

Con el comandante Delgado, dador de ésta, remito a usted una escopeta y un par de pistolas juntamente con el caballo de paso que le ofrecí en Guayaquil. Admita usted, general, esta memoria del primero de sus admiradores.

Con estos sentimientos y con los de desearle únicamente sea usted quien tenga la gloria de terminar la guerra de la independencia de la América del Sud, se repite su afectísimo servidor. JOSÉ DE SAN MARTÍN."

En esta carta se establecía con escueta precisión el objeto fundamental de la entrevista, que no fue otro sino el de la pronta terminación de la guerra o sea el problema para el cual, según decía Bolívar, repitiendo palabras del propio San Martín al anunciarle su visita, bastaban pocas horas para tratar entre militares.

Y pocas horas estuvieron realmente en Guayaquil los dos Libertadores conferenciando sobre ese problema de la cooperación que San Martín fue a pedir a Bolívar.

Recordábase en ella, además, el verídico planteo que debió hacer San Martín al referir la situación militar existente en el Perú y exponer el plan final de la campaña. Era indispensable, para conseguir las ventajas esperadas, el apoyo del ejército de Bolívar. Los 1.400 hombres que éste ofreció al Protector apenas bastaban para mantener el orden en Lima y atender la guarnición del Callao.

La operación planeada consistía en desembarcar una fuerte división en Puertos Intermedios, seguramente en  Arica, para atacar directamente sobre el centro adversario dislocando la conexión de los realistas de la Sierra con los del Alto Perú, que a su vez serían hostigados desde la frontera argentina por tropas que el propio San Martín había gestionado se movieran oportunamente en tal sentido.

Pero para obtener una decisión victoriosa final era necesario que fuerzas poderosas, en el caso del ejército de Colombia, invadieran la Sierra por Pasco y derrotaran o aferraran en el valle de Jauja a las que allí tenía concentradas el virrey, para evitar su unión con las atacadas de frente por la expedición de los Puertos Intermedios.

La insuficiencia del ejército del Perú era evidente y números precisos lo demostraban. Existía, además, la experiencia concluyente de otras tentativas realizadas contra el enemigo que fracasaron por esa inferioridad, como la primera expedición de Miller y la reciente de Gamarra, derrotado en Ica no sólo por sus errores militares sino por la notoria escasez de efectivos.

San Martín desarrolló, pues, ante Bolívar un amplio plan militar para concluir la guerra, evitando su dolorosa prolongación. Realizarlo era un deber sagrado. Además era la gloria del triunfo final; el honor de poner término a la cruenta campaña de la independencia. Pero Bolívar opuso objeciones diversas y tenaces que San Martín rebatió una por una, según se desprende de su carta, y llegó a ofrecerle combatir bajo sus órdenes con tal de obtener la ansiada cooperación.

Tampoco aceptó Bolívar y entonces se persuadió San Martín que aquella gloria y ese honor no podían ser compartidos, que su persona era el obstáculo. En su espíritu debió surgir súbitamente la determinación de removerlo y se resolvió con su certera rapidez de apreciación y la enérgica entereza con que sabía movilizar su voluntad.

Pensó desde ese instante en su alejamiento como una solución impuesta por las circunstancias, aceptándolo con ese estoicismo del deber que él llamaba acatamiento del destino y que siempre le impelía inexorablemente a cumplirlo hasta el fin.

Sin duda anticipó ese propósito a su interlocutor, pues éste lo hizo saber, junto con otros detalles de la entrevista, al vicepresidente de Colombia, general  Santander, en una carta que le envió el 29 de julio, desde Guayaquil, dos días después de haber emprendido San Martín su regreso al Perú; pero también le instaría a reservarlo con el mismo recato con que él prefería eliminarse sin hacer alarde de un sacrificio cuyo precio iba a ser la terminación de la guerra de América.

Esto fue lo esencial de la entrevista de Guayaquil. Seguramente se habló sobre otros problemas y la propia carta de San Martín alude al zanjado por Bolívar cuando resolvió disolver a la junta de gobierno de Guayaquil e incorporar a Colombia su territorio; y se hablaría entre otras cosas sobre sistemas de gobierno  para las naciones recién creadas y la controversia sobre el proyecto monárquico que el mismo Bolívar en la carta a Santander calificaba de "proforma".

El propio San Martín, cinco años después, estando en Bruselas, escribió al general Miller el 19 de abril de 1827 una carta en la cual refiriéndose a la entrevista con Bolívar le decía: "En cuanto a mi viaje a Guayaquil él no tuvo otro objeto que el de reclamar del general Bolívar los auxilios que pudiera prestar para terminar la guerra del Perú; auxilio que una justa retribución (prescindiendo de los intereses generales de América) lo exigía por los que el Perú tan generosamente había prestado para libertar el territorio de Colombia.

Mi confianza en el buen resultado estaba tanto más fundada, cuanto el ejército de Colombia, después de la batalla de Pichincha se había aumentado con los prisioneros y contaba 9.600 bayonetas; pero mis esperanzas fueron burladas al ver que en mi primera conferencia con el Libertador me declaró que haciendo todos los esfuerzos posibles sólo podría desprenderse de tres batallones con la fuerza total de 1.070 plazas.

Estos auxilios no me parecieron suficientes para terminar la guerra, pues estaba convencido que el buen éxito de ella no podía esperarse sin la activa y eficaz cooperación de todas las fuerzas de Colombia; así es que mi resolución fue tomada en el acto creyendo de mi deber hacer el último sacrificio en beneficio del país.

Al siguiente día y a presencia del vicealmirante Blanco dije al Libertador que habiendo convocado el congreso para el próximo mes el día de su instalación sería el último de mi presencia en el Perú, añadiendo: ahora le queda a usted, general, un nuevo campo de gloria en el que va a poner el último sello a la libertad de la América. (Yo autorizo y ruego a usted escriba al general Blanco a fin de ratificar este hecho.) A las dos de la mañana del siguiente día me embarqué habiéndome acompañado Bolívar hasta el bote y entregándome su retrato como una memoria de lo sincero de su amistad; mi estadía en Guayaquil no fue más de 40 horas, tiempo suficiente para el objeto que llevaba".

Por fin, en otra carta, dirigida el 11 de Septiembre de 1848 desde Boulogne-Sur-Mer, al mariscal Ramón Castilla, presidente del Perú, aludía también San Martín al asunto de Guayaquil y le decía: "He ahí, mi querido general. un corto análisis de mi vida pública seguida en América; yo hubiera tenido la más completa satisfacción habiéndole puesto fin con la terminación de la guerra de la independencia del Perú pero mi entrevista en Guayaquil con el general Bolívar me convenció, no obstante sus promesas, que el solo obstáculo de su venida al Perú con el ejército de su mando, no era otro que la presencia del general San Martín, a pesar de la sinceridad con que le ofrecí ponerme a sus órdenes, con todas las fuerzas de que yo disponía”.

"Si algún servicio tiene que agradecerme la América es el de mi retirada de Lima, paso que no sólo comprometía mi honor y reputación sino que era tanto más sensible cuanto que conocía que con las fuerzas reunidas de Colombia la guerra de la independencia hubiera terminado en todo el año 23.

Pero este costoso sacrificio y el no pequeño de tener que guardar un silencio absoluto (tan necesario en aquellas circunstancias) por los motivos que me obligaron a dar este paso, son esfuerzos que usted podrá calcular y que no está al alcance de todos el poder apreciarlos".