La situación militar se había estacionado y el Perú aparecía dividido en dos porciones: los realistas ocupaban la Sierra y a través de sus valles hacia el sur comunicaban con sus fuerzas  en el Alto Perú; en manos de los independientes estaban la capital, la costa y todo el norte del país.

Antes de la ocupación de Lima se habían realizado dos operaciones despachadas por San Martín desde Huaura: una hacia la Sierra y otra con destino al sur de la región de la costa donde debía penetrar por los Puertos Intermedios; pero no lograron el éxito previsto, que sin duda alguna hubiera mejorado decididamente aquella situación.

La primera había sido dirigida por el general Arenales, que ocupó el valle de Jauja en el mes de mayo, pero como tenía instrucciones de no comprometer su división no alcanzó a evitar, como fue su propósito, que La Serna se uniera con Canterac cuando el ejército realista dividido en dos fracciones abandonó la capital para buscar en el interior un campo de operaciones propicio a la prolongación de la resistencia.

Esta segunda campaña de la Sierra resultó, pues, infructuosa; y Arenales retornó a Lima mientras el virrey se hacía fuerte en el valle de Jauja desde donde se trasladó más tarde al Cuzco.

La expedición al sur tampoco fue muy feliz a pesar de la valerosa conducción de Miller y los bríos de lord Cochrane en cuyas naves fue conducida a los Puertos Intermedios. Se hizo un primer desembarco en Pisco y luego otro en Arica desde donde avanzó Miller hasta Tacna obteniendo un buen triunfo en Mirave, el 21 de mayo, sobre los realistas que le salieron al encuentro desde la Sierra; pero al final debió concentrarse en Ica sin mayores perspectivas para una acción más importante a causa de la escasez de sus efectivos.

Mayor trascendencia alcanzó, después de la declaración de independencia del Perú, el fracaso de una expedición intentada por el general Canterac, a fines de agosto, con el doble objeto de sorprender si era posible a los ocupantes de la recién abandonada capital y llevar víveres a la fortaleza del Callao, donde había quedado aislada una guarnición realista de más de dos mil hombres y existía un gran armamento que el virrey necesitaba recuperar.

El 5 de septiembre Canterac se presentaba al sur de Lima, en el valle del Lurín, pero halló que el ejército libertador estaba desplegado en línea de batalla cubriendo todas las entradas de la capital por el este y el sur, y no se resolvió a provocar un combate que la inatacable posición del adversario hacía presumir muy dudoso.

San Martín, imperturbable y calculador, lo dejó desfilar hacia el Callao y le dijo a Las Heras, que estaba a su lado: "¡Están perdidos! ¡El Callao es nuestro! No tienen víveres para quince días. Los auxiliares de la Sierra se los van a comer. Dentro de ocho días tendrán que rendirse o ensartarse en nuestras bayonetas". Y así fue, a pesar del asombro de Las Heras y la impertinencia de lord Cochrane que terminó por no comprender nada y encolerizarse desaforadamente ante la calma del general en jefe a quien incitaba a atacar, sin que éste, resuelto a concluir con su ajedrez, hiciera caso de sus protestas.

Canterac pagaría las consecuencias de aquella victoria sin sangre y comenzó a ver claro apenas se encerró en la fortaleza; decidió salir enseguida y retirarse por el norte para ganar a duras penas los faldeos de la Sierra. El 21 de septiembre la bandera peruana ondeaba en los castillos del Callao, cuyo jefe, el general La Mar, estrechado vigorosamente, debió aceptar los términos de la capitulación que le dictó San Martín.

Después de la rendición del Callao que consolidaba su dominio en las provincias liberadas, el Protector del Perú prosiguió en las tareas del gobierno cuya responsabilidad había debido afrontar; pero sabía bien que ésa no podía ser una misión indefinida y durante los meses finales de 1821 la clara objetividad con que siempre discernía sobre los hechos de la cambiante realidad iba a determinar muy pronto una nueva decisión en su conducta.

Aquellas tareas eran sin duda absorbentes y delicadas y las abordó con un sincero afán de señalar a los peruanos las características del nuevo régimen. Los decretos de su breve  gobierno tenían el sello de aquellas famosas decisiones de la Asamblea del año 1813 en las Provincias Unidas, que él había contribuido con su esfuerzo a que fuera convocada y en la cual Bernardo Monteagudo, su actual ministro, había llevado la voz cantante.

Declaró la libertad de comercio, abolió las encomiendas, suprimió la inquisición, prohibió los tormentos, adoptó medidas que garantizaban la seguridad individual y dictó un Estatuto Provisional, de acuerdo con cuyas normas debían desenvolverse las funciones del naciente Estado.

Instituyó la Orden del Sol y creó la biblioteca pública del Perú, a la cual donó su propia librería, que había traído desde Chile.

Era, como siempre, minucioso y estricto; pero no hay duda que esa labor de gobernante no podía apartarle de sus propios fines y tal vez esas preocupaciones le desasosegaran al distraerle. Debía manejar la cosa pública en un ambiente conmovido por la lucha reciente y en el cual subsistían agazapados los adversarios de ayer a los cuales había que vigilar y no pocas veces perseguir y exaccionar.

Tenía que atender a las grandes y pequeñas exigencias de la administración; auspiciar las obras y proyectos de sus ministros; y no regatear, además, su actuación en la sociedad limeña con sus requerimientos sociales, a menudo amables, y su intriga política, que descubría ocultas suspicacias locales.

Tuvo amargos contratiempos, como el definitivo disgusto con lord Cochrane que se marchó a Chile con su escuadra; y no pocas decepciones con su propio ejército, enervado durante la obligada inacción bélica de aquel intervalo, tan breve sin embargo.

Pronto comprendió la necesidad de dar otra base al gobierno, aunque no se le ocultaban sus inconvenientes, porque advertía sin esfuerzo las tendencias vernáculas aspirantes al mando.

Todo ello acentuaba en su espíritu el deseo vehemente de terminar. Pensó de nuevo en un plan de monarquía constitucional como medio de dejar establecido un sistema capaz en su concepto de afianzar el orden, pero pronto lo desechó. No era hombre de consumirse en cavilaciones y en el mes de diciembre estaba resuelto a imprimir un rumbo cierto a su actuación y decretaba la convocación del Congreso peruano.

Es que por sobre todas las cuestiones predominaba su objetivo primordial: la razón de ser de su empresa libertadora. Debía resolver sobre los medios necesarios para obtener la decisión. La batalla de América no estaba aún concluida y ése era el hecho principal. Una conclusión se imponía netamente a su espíritu y era que con los propios recursos, insuficientes, no iba a terminar con el ejército del virrey. Estaba, por cierto, convencido de que fuesen cuales fuesen las vicisitudes que sobrevinieran, la independencia era ya irrevocable, pero entendía como un deber sagrado evitar a los pueblos la desgracia de prolongar la guerra. Tenía, pues, que resolver este problema militar y comprendió que su decisión sólo podía alcanzarla ligándolo a la etapa final de la guerra de la emancipación americana.

Desde el norte habían avanzado sobre el sur de Colombia y el Ecuador las armas de Simón Bolívar, triunfante en la batalla de Carabobo, casi al mismo tiempo en que San Martín entraba en Lima; pero se hallaban paralizadas en Pasto donde los realistas habían organizado una  defensa formidable.

El general Sucre debió trasladarse por mar hasta Guayaquil, con tropas colombianas, para atacar desde el sur al capitán general Aymerich y tratar de reducir este otro núcleo de la resistencia; pero sus fuerzas eran relativamente escasas; y aparecía difícil al joven general venezolano la obtención de su cometido.

Por eso se había dirigido a San Martín en mayo de 1821 pidiéndole su cooperación en la campaña que iba a abrir sobre Quito. Los hechos estaban indicando, pues, la necesidad de esa cooperación en la que también meditaba el Protector del Perú para la resolución de su propio problema.

Sucre, derrotado en la batalla de Huachi, le había reiterado en octubre, con grande apremio, aquel pedido; y San Martín, que había organizado una división en Trujillo, decidió concurrir a la lucha en que se decidiría la libertad del Ecuador.

Hacía tiempo que mantenía relaciones epistolares con Bolívar. Desde Pisco, apenas desembarcado en el Perú, le escribió una carta que el Libertador de Colombia contestó manifestando: "Este momento lo había deseado con toda mi vida; y sólo el de abrazar a V.E. y el de reunir nuestras banderas puede serme más satisfactorio".

Después de Carabobo, en agosto de 1821, Bolívar le escribía: "V.E. debe creerme: después del bien de Colombia nada me ocupa tanto como el éxito de las armas de V.E., tan dignas de llevar sus estandartes gloriosos dondequiera que haya esclavos que se abriguen a su sombra". Y por fin, el 15 de noviembre, desde Bogotá, apoyaba la instancia de Sucre y le pedía enviase una división a Guayaquil para oponerse con las fuerzas de Colombia a los nuevos esfuerzos del enemigo.

Era, pues, manifiesta la necesidad de una cooperación militar cuya trascendencia dominaba a las otras cuestiones que preocupaban su ánimo. Por eso en el mes de febrero de 1822, al mismo tiempo que autorizaba la marcha al Ecuador de la columna que iría en auxilio de Sucre, 1.300 hombres al mando del coronel Andrés Santa Cruz, decidió ir a entrevistarse con Bolívar, que había anunciado viajar hasta Guayaquil.

Dejó encargado del mando a Torre-Tagle y expresó públicamente los motivos de su viaje: "La causa del Continente Americano me lleva a realizar un designio que halaga mis más caras esperanzas. Voy a encontrar en Guayaquil al Libertador de Colombia.

Los intereses generales del Perú y de Colombia, la enérgica terminación de la guerra y la estabilidad del destino a que con rapidez se acerca la América hacen nuestra entrevista necesaria ya que el orden de los acontecimientos nos ha constituido en alto grado responsables del éxito de esta sublime empresa".

La entrevista no pudo realizarse porque Bolívar fue retenido por urgencias de la guerra; pero  de todos modos sería San Martín quien iniciaría aquella indispensable cooperación. A principios de febrero la división auxiliar penetraba en las provincias ecuatorianas de Loja y Cuenca y se incorporaba a las fuerzas del general Sucre.

Poco después, en dos batallas memorables, la de Río Bamba, el 21 de abril, y la de Pichincha, el 24 de mayo, se lograba la capitulación de Aymerich y las huestes patriotas se apoderaban de Quito. Bolívar, que había obtenido una ardua victoria en Bomboná sobre los realistas de Pasto, entró recién a mediados de junio a la capital del Ecuador.