Cuando San Martín regresó a Lima habían ocurrido allí sucesos profundamente desagradables. La ausencia del Protector había sido propicia, al parecer, al estallido de sordos rencores acumulados desde un principio contra el ministro Monteagudo, pero que en realidad alcanzaban a todo el régimen protectoral.

El antiguo revolucionario de Mártir o Libre era mirado ahora como un seide siniestro del despotismo; y sus ideas de gobierno como el símbolo de la reacción. Se le acusaba de ser un misántropo orgulloso que consideraba a la capital como una propiedad de conquista y se le odiaba como responsable de las persecuciones que debieron sufrir españoles de antiguo arraigo y extensas vinculaciones en la sociedad del Perú; achacábasele falta de consideración a los elementos locales y se le tenía por el principal sostenedor de un plan monarquista.

Era, pues, Monteagudo la cabeza de turco contra la que se dirigieron los golpes de una extensa conspiración que, en definitiva, exteriorizaba en sus promotores, dirigidos por el peruano José Riva Agüero, no sólo el descontento contra un ministro, sino la ansiedad de llegar al gobierno y sustituir un régimen que algunos estimaban sencillo reemplazar.

Lo cierto es que mientras San Martín estaba en Guayaquil el delegado Torre-Tagle debió ceder ante las exigencias de los amotinados, cuyo triunfo se alcanzó asimismo por la absoluta impasibilidad asumida en la emergencia por el general Alvarado, comandante en jefe del ejército.

Monteagudo tuvo que dejar su ministerio y el país. Pero San Martín volvía de la entrevista con Bolívar con su resolución tomada y aquellos sucesos sólo pudieron servir para fortalecerla. Debieron, sin embargo, llevar a su espíritu ese momento de acibarada congoja que produce siempre la ingratitud, aun en el ánimo de los fuertes.

El Congreso del Perú se reunió solemnemente el 20 de septiembre y ante él declinó San Martín la investidura que se había impuesto un año antes devolviendo la banda bicolor que era su símbolo, y les dijo entonces a los representantes: "Al deponer la insignia que caracteriza el jefe Supremo del Perú no hago sino cumplir con mis deberes y con los votos de mi corazón.

Si algo tienen que agradecerme los peruanos es el ejercicio del poder que el imperio de las circunstancias me hizo aceptar". Y en una proclama de ese mismo día recordó: "Mis promesas para con los pueblos en que he hecho la guerra están cumplidas: hacer la independencia y dejar a su voluntad la elección de sus gobiernos. La presencia de un militar afortunado, por más desprendimiento que tenga, es temible a los Estados que de nuevo se constituyen".

Aquella misma noche se embarco en el puerto de Ancón rumbo a Chile.

En la cumbre de la cordillera después de haber ascendido por el camino del Portillo y allí donde se abre un ríspido cajón llamado del Manzano, hallábase una mañana de fines de enero de 1823 un antiguo oficial del ejército de los Andes. Acababa de levantarse el sol e iluminaba con todo su esplendor el grandioso panorama de piedra que descendía hacia Occidente. Ascendiendo la cuesta lentamente veíase una pequeña caravana que al cabo llegó a distinguirse con nitidez.

El oficial era don Manuel de Olazábal y pronto advirtió que quien se acercaba era aquel a quien había ido a esperar anheloso de ser el primero en saludarle al pisar de nuevo tierra argentina; el caballero que  presidía la caravana era el generalísimo del Ejército del Perú. "El general San Martín, - escribió Olazábal al relatar la escena años después,- iba acompañado de un capitán y dos asistentes; dos mucamos  y cuatro arrieros con tres  cargueros de equipaje. Cabalgaba una hermosa mula zaina con silla de las llamadas húngaras y encima un pellón, y los estribos liados con paño azul por el frío del metal.

Un riquísimo guarapón (sombrero de ala grande) de paja de Guayaquil cubría aquella hermosa cabeza en que había germinado la libertad de un mundo y que con atrevido vuelo había trazado sus inmortales campañas y victorias. El chamal chileno cubría aquel cuerpo de granito endurecido en el vivac desde sus primeros años.

Vestía un chaquetón y pantalón de paño azul, zapatos y polainas y guantes de ante amarillos. Su semblante decaído por demás, apenas daba fuerza a influenciar el brillo de aquellos ojos que nadie pudo definir." Cuando se acercó, Olazábal se precipito hacia él y lo abrazó por la cintura, deslizándose de sus ojos abundantes lágrimas. El general le tendió el brazo izquierdo sobre la cabeza y lleno de emoción sólo pudo decirle: "¡Hijo!" Así regresaba a la patria, cruzando por última vez la cordillera de los Andes, el que hacía seis años la había tramontado en sentido inverso al frente de aquel valeroso ejército formado por él en Mendoza y cuyas victorias dieron la libertad a Chile para llenar después el grande objetivo de su empresa continental proclamando en Lima la independencia del Perú.

Pero ésta era ya, con ser tan reciente, la gloria pasada. El melancólico regreso iniciaba el camino del renunciamiento que él había elegido, y muy pocos comprendieron entonces la grandeza moral de esa elección, signo indudable de la autenticidad de aquella gloria.

Estaba satisfecho y seguro de su gesto, que fue en síntesis otra impronta de su carácter, actitud similar a cuantas debió asumir en los más graves trances de opción durante su vida pública. Había sido fiel consigo mismo y ello importaba haber sido fiel a la misión que quiso realizar en América.

Estaba cierto que el sacrificio de su retiro iba a ser un bien para América porque anticipaba de acuerdo con las circunstancias sobrevenidas la hora de su independencia y esto le bastaba y le complacía inmensamente; si él había llegado a ser un obstáculo para que el Libertador de Colombia diera el golpe final a los matuchos, no iba a ser él quien siguiera siendo obstáculo un solo día más. 

Comprendía también que pocos habrían de entenderle. Solamente con Guido, durante su última noche del Perú, había tenido un  arranque confidencial:

¿acaso no podía haber afrontado la intransigencia de Bolívar?

¿Qué le habría costado meter en un puño a Riva Agüero y los demás secuaces que daban pábulo a calumniosas especies?

¿Quién le hubiera impedido a él, si hubiera querido, afianzar en la fuerza ese despotismo de que se le acusaba?

¡No! Él no iba a dar ese día de zambra al enemigo. Él había venido a libertar a la América y no a hacerle el juego a la guerra civil ni quiso nunca ser rey ni emperador ni demonio, como le escribió una vez, explosivamente indignado, al buen amigo O'Higgins.

Años después, en 1827, le escribiría a Guido, volviendo sobre el amistoso debate que éste le reabría constantemente: "Serás lo que debes ser o no eres nada" y le decía que confiaba en el juicio de la historia, a la cual dejaría discernir sobre sus documentos, después de su muerte, acerca de las causas que le movieron a retirarse del Perú:

"Usted me dirá que la opinión pública y la mía particular están interesadas en que estos documentos vean la luz en mis días: varias razones me acompañan para no seguir este dictamen, pero sólo le citaré una: la de que lo general de los hombres juzgan de lo pasado según la verdadera justicia y lo presente según sus intereses".

El había sido lo que debió ser. En sus maletas del regreso traía el estandarte de Pizarro, y este ilustre despojo era una prenda y un símbolo para José de San Martín, Libertador del Perú.